イントラレーシックは、手術の際にレーシックではマイクロケラトームでフラップ（ふた状のもの）を作るのに対し、イントラレースFSレーザーを用いて、コンピュータ制御によってフラップを作成します。
フラップ作成後、矯正用のレーザー台に移動して、フラップを開きエキシマレーザーをあてて屈折を調整します。レーザー照射後、フラップを元の位置に戻し、消毒をしてイントラレーシック手術終了です。
フラップを作成する部分のみがレーシックとは異なりますが、その後の手順はほぼ同じです。
レーシックにおいて、マイクロケラトームを使用した場合のフラップの厚さは約１６０ミクロンと言われています。それに対し、イントラレーザーでフラップを作成するイントラレーシックでのフラップの厚さは約１００ミクロンですので、角膜にあまり厚みがない方でも手術が可能になります。
